Sous l’occupation allemande, le lycée Kléber Palais devient Bismarckschule Oberrealschule für Jungen.
Saint Jean est indépendant et prend le nom de Karl Roos Schule.
Les patronymes des élèves et du personnel sont germanisés. Par exemple : Grandgeorge devient Grossjürg. Jean-Jacques devient Hans-Jakob.
L’usage du français est interdit. Les élèves suivent les cours en allemand.
Les ouvrages français de la bibliothèque sont remplacés par des livres en allemand.
Les autres langues sont le grec, le latin et l’anglais !
En 1940, à la Bismarckschule, anciennement Kléber Palais, on compte 492 élèves. Ils seront 570 en 1944.
Les professeurs qui y exercent sont tenus de prêter serment à Hitler.
Certains refusent et quittent l’Alsace.
A la fin de l’année 1941 il ne reste que 26 professeurs dont 14 alsaciens et 12 « Reichsdeutsche ».
L’année scolaire 1944-45 va être brève : les cours s’arrêtent le 23 novembre 1944, avec la Libération de Strasbourg.
De nombreux ouvrages allemands ont été détruits et brûlés à la fin de la guerre.
Les livres acquis à cette époque présentent les tampons suivants :
Lycée Kléber Bibliothèque Palais